Francuski institut u Hrvatskoj podupire znanstvenu francusko-hrvatsku suradnju koja se ostvaruje : organizacijom konferencija i radionica, suradnjom hrvatskih i francuskih znanstvenika sa ciljem rada na zajedničkim europskim projektima kao i aktivnostima promocije znanstvene kulture (izložbe, festival dokumentarnog arheološkog filma).
Arheološka istraživanja u Hrvatskoj predstavljaju primjer izvrsne suradnje francuskih i hrvatskih znanstveno-istraživačkih ekipa.
4 projekta arheoloških iskopavanja su u tijeku a odvijaju se zahvaljujući financijskoj potpori francuskog Ministarstva Europe i Vanjskih poslova. Istraživanja se odvijaju na lokalitetu Loron u Istri, u uvali Caska na otoku Pagu, u Osoru na otoku Cresu te na otoku Braču.
Na ovim projektima zajedno rade i francuski i hrvatski studenti arheologije.
Od 2015. Francuski institut u Hrvatskoj i Collège de France, organiziraju dolazak vrhunskih francuskih znanstvenika koji su održali predavanja na hrvatskim sveučilištima i Institutima. Hrvatsku su posjetili : Marc Fontecave (kemija), Philippe Kourilsky (imunologija), Jean-Pierre Brun (arheologija), Gerard Berry (informatika) i Patrick Boucheron (povijest).
Institut Ruđer Bošković je hrvatska znanstvena institucija u kojoj se vrše vrhunska temeljna istraživanja s osobitim naglaskom na složene interdisciplinarne programe.
Veliki broj znastvenika IRB-a surađuje sa francuskim kolegama. IRB sudjeluje u brojnim međunarodnim istraživačkim prijektima i predstavlja institut koji je u Hrvatskoj dobio najviše sredstava iz programa i projekata Europske unije. Od 2000. Godine više od 40 znanstvenika je boravio u Francuskoj radi istraživanja u okviru projekata ili stipendija francuske vlade.
