Le principal outil de coopération scientifique est le partenariat Hubert Curien « Cogito » mis en place depuis 2002 (voir infra).
L’IFC soutient par ailleurs le développement des relations bilatérales scientifiques par l’organisation de conférences et d’ateliers, la mise en place de séjours scientifiques entre chercheurs français et croates avec une perspective européenne ainsi que des activités de promotion de la culture scientifique (expositions, festival du film documentaire archéologique).
Il s’agit d’un domaine scientifique d’excellence où de nombreuses équipes françaises et croates travaillent ensemble. Le Ministère de l’Europe et des Affaires étrangères soutient actuellement, avec ses partenaires croates, quatre projets de fouilles archéologiques en Croatie sur les îles de Brac, de Cres et de Pag ainsi qu’en Istrie. Ces projets permettent d’accueillir, chaque année sur les chantiers, des étudiants en archéologie, français et croates, mais aussi d’autres nationalités.
L’Institut français de Croatie a développé depuis 2015 un partenariat avec le Collègue de France qui permet d’accueillir chaque année des professeurs de renom : Marc Fontecave (chimiste), Philippe Kourilski (immunologiste), Jean-Pierre Brun (archéologue), Gérard Berry (informaticien), Patrick Boucheron (historien).
L’Institut « Ruđer Bošković » à Zagreb, établissement de recherche d’excellence pluridisciplinaire qui compte plus de 500 chercheurs et doctorants entretient un partenariat privilégié avec la France. Cette institution scientifique croate est celle qui a remporté le plus de projets dans le cadre des différents appels d’offres européens. Environ 10 % des collaborations des chercheurs de l’IRB sont réalisées avec les partenaires français sur la base de projets communs (Programme Hubert Curien ou autres). Depuis 2000, 40 chercheurs de l’IRB ont effectué des séjours de recherche en France ou bénéficié d’une bourse.
